Liga de Quito, tras sus victorias en la Copa Libertadores y la Copa Sudamericana, se enfrentó a desafíos en torneos CONMEBOL en el año siguiente. En 2008, después de ganar la Libertadores, tuvo una decepcionante actuación en el torneo continental, quedando en el último lugar de su grupo.
Al año siguiente, tras ganar la Sudamericana, tuvo una mejor actuación en la Libertadores, clasificando como campeón defensor directamente a los octavos de final.
Aunque fue eliminado por Independiente.Después de 13 años, lograron otro título internacional con su segunda Sudamericana. Sin embargo, su desempeño actual en Libertadores ha sido decepcionante.